La Unidad de Proteómica ofrece servicios analíticos de proteómica avanzada a la comunidad científica del ISPA, y también a cualquier investigador de otras universidades, hospitales y empresas.

Como servicio de apoyo a la actividad investigadora, la Unidad de Proteómica proporciona soporte científico/técnico personalizado a cada proyecto, pudiendo incluir las etapas previas y posteriores al análisis: diseño de experimentos, revisión de proyectos, análisis bioinformático e interpretación biológica de los datos generados.

• Identificación y caracterización de proteínas por LC-MS/MS DDA y búsqueda en base de datos

Aplicaciones especializadas:

• • • Identificación masiva de proteínas
    • Identificación de PTMs
    • Metaproteómica

• Proteómica cuantitativa:
  • • DIA (data-independent acquisition), Zeno SWATH
    • Label-free
    • Targeted Proteomics, Zeno PRM

Aplicaciones especializadas:

• • • • Expresión diferencial en dos o más grupos de muestras
      • Descubrimiento/validación de biomarcadores
      • Caracterización de mecanismos moleculares
      • Cuantificación de PTMs
      • Análisis de Single Cell Proteomics

• Revisión de propuestas a convocatorias de proyectos
• Colaboración en proyectos de investigación
• Formación en herramientas proteómicas y bioinformáticas

Responsable

Ignacio Ortea García

• Doctor por la Universidad de Santiago de Compostela (Química Analítica)
• Científico Titular del CSIC
• Miembro de la Sociedad Española de Proteómica (SEProt)

 

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• Espectrómetro de masas Q-TOF de alta resolución: ZenoTOF 7600 (Sciex)
  Fragmentación CID y EAD. Trampa Zeno para aumento de la sensibilidad. Velocidad de escaneo de hasta 133 Hz.
• Espectrómetro de masas Q-Orbitrap de ultra-alta resolución: Orbitrap Exploris 480 (Thermo Fisher Scientific)
  Fragmentación HCD. Interfaz de movilidad iónica FAIMS Pro.
• Sistema de cromatografía líquida: Evosep One (Evosep)
  Combina la separación cromatográfica en gradientes preformados con la limpieza y desalado de las muestras cargadas en puntas. Gradientes optimizados para correr de 15 a 500 muestras/día, además de métodos extra (Whisper Zoom) para análisis proteómicos de célula única.
• Sistema de cromatografía líquida: Vanquish Neo (Thermo Fisher Scientific)
  Posibilidad de flujos nano, capilar y micro (de 1nL/min a 100 μL/min). Inyección desde viales y placas. Presión máxima 1500 bar. Horno de columna Sonation.
• Plataforma robotizada para Single Cell Proteomics: Tecan UNO (HP D100)
  Permite la dispensación de células únicas a partir de una suspensión celular, y la preparación de la muestra (lisis celular y digestión enzimática) para su análisis por LC-MS.
• Plataforma robotizada para preparación de muestras para LC-MS: AccelerOme (Thermo Fisher Scientific)
  Preparación de muestras proteicas para workflows label-free y TMT.
• Plataforma robotizada OT-2 (Opentrons)
  Automatización de protocolos de digestión enzimática y carga de Evotips.
• Principales programas utilizados para análisis de datos: motores de búsqueda (MSFragger, Proteome Discoverer) para identificación masiva de proteínas; FragPipe, DIA-NN, Spectronaut para proteómica cuantitativa label-free y DIA; Skyline y Sciex OS para PRM.

• Se deberá rellenar una solicitud de servicio, que irá firmada por el investigador principal y será entregada al personal del servicio.
• El uso y manejo del equipamiento serán llevados a cabo por el personal técnico del servicio.
• Antes de solicitar los servicios de la Plataforma de Proteómica, es recomendable consultar con su personal el diseño experimental y el presupuesto del análisis.