La Unidad de Proteómica ofrece servicios analíticos de proteómica avanzada a la comunidad científica del ISPA, y también a cualquier investigador de otras universidades, hospitales y empresas.

Como servicio de apoyo a la actividad investigadora, la Unidad de Proteómica proporciona soporte científico/técnico personalizado a cada proyecto, pudiendo incluir las etapas previas y posteriores al análisis: diseño de experimentos, revisión de proyectos, análisis bioinformático e interpretación biológica de los datos generados.

• Identificación y caracterización de proteínas por LC-MS/MS DDA y búsqueda en base de datos

Aplicaciones especializadas:

• • • Identificación masiva de proteínas
    • Identificación de PTMs
    • Metaproteómica

• Proteómica cuantitativa:
  • • DIA (data-independent acquisition): Zeno SWATH
    • Label-free
    • Targeted Proteomics: Zeno PRM

Aplicaciones especializadas:

• • • • Expresión diferencial en dos o más grupos de muestras
      • Descubrimiento/validación de biomarcadores
      • Caracterización de mecanismos moleculares
      • Cuantificación de PTMs

• Revisión de propuestas a convocatorias de proyectos
• Colaboración en proyectos de investigación
• Formación en herramientas proteómicas y bioinformáticas

• Espectrómetro de masas Q-TOF de alta resolución: ZenoTOF 7600 (Sciex)
  Fragmentación CID y EAD. Trampa Zeno para aumento de la sensibilidad. Velocidad de escaneo de hasta 133 Hz.
• Sistema de cromatografía líquida: Evosep One (Evosep)
  Combina la separación cromatográfica en gradientes preformados con la limpieza y desalado de las muestras cargadas en puntas. Gradientes optimizados para correr de 15 a 300 muestras/día, además de dos métodos extra para análisis proteómicos de célula única.
• Principales programas utilizados para análisis de datos
  Motores de búsqueda (ProteinPilot, MSFragger) para identificación masiva de proteínas; Fragpipe, DIA-NN, PeakView para proteómica cuantitativa label-free y DIA; Skyline y Sciex OS para PRM

• Se deberá rellenar una solicitud de servicio, que irá firmada por el investigador principal y será entregada al personal del servicio.
• El uso y manejo del equipamiento serán llevados a cabo por el personal técnico del servicio.
• Antes de solicitar los servicios de la Plataforma de Proteómica, es recomendable consultar con su responsable el diseño experimental y el presupuesto del análisis.